Rodrigo Facio murió el 7 de junio de 1961 en una playa de El Salvador. Después de un día de trabajo como parte de una misión del BID, fue a nadar, pero el mar estaba muy violento y tuvo que luchar para no ahogarse. A pesar de que logró salir con vida, el esfuerzo le provocó un infarto.

La Asamblea Legislativa lo declaró Benemérito de la Patria (22 de noviembre de 1961), y el Consejo Universitario acordó que la Ciudad Universitaria recibiera su nombre (26 de mayo de 1962).