Desde su fundación, en 1941, la Universidad de Costa Rica (UCR) ha generado, desarrollado y custodiado colecciones de diversa índole, incluso resguarda objetos y colecciones que pertenecieron a su antecesora, la Universidad de Santo Tomás (1843 a 1885). La UCR, en la actualidad, tiene cerca de 150 colecciones. Estas se utilizan en las tres funciones primordiales de la UCR: docencia, investigación

y acción social. Están distribuidas en las unidades académicas, museos regionales, institutos y centros de investigación, bibliotecas, archivos herbarios, laboratorios, bosquecitos, jardines botánicos, reservas biológicas, estaciones y fincas experimentales.
El Museo UCR es el custodio de las siguientes colecciones:
• Colección de Historia de la Universidad de Costa Rica
• Colección de caricaturas de Hugo Díaz
• Colección Rodrigo Facio Brenes
• Colección Sanatorio Dr. Carlos Durán Cartín
• Colección Rectoría UCR
La Sección de Registro de Colecciones realiza una labor que requiere minuciosidad y paciencia. Su quehacer consiste en procesar los ingresos de objetos, artefactos y especímenes, acopiados en el Museo UCR, en un registro digital permanente de colecciones.